在当时巴黎的产科医院，产妇死于产褥热者高达1／19；1864年，仅在巴黎产科医院就有300多名产妇死亡，产科医院被称为“犯罪之家”。至于外科手术，死亡率更是高达20％－30％，甚至50％－60％。
巴斯德决心迅速越过对医学无知的障碍，拯救同胞于危难之中。在法国医学会的一次会议上，巴斯德提出了细菌致病理论。他说：“开刀的伤口暴露在千百万细菌的面前。这些细菌存在于空气中、手术医生的手上、洗涤伤口的海绵上、接触伤口的刀具上以及覆盖伤口的纱布上。”对于这些，一些老医生们总是报以不信任的大笑，然后继续他们的老一套。他们的理由是：“它是一个新的观念，因此也就是一个糟糕的观念。”
英国外科医生李斯特将巴斯德的细菌致病理论运用于外科临床，实行石炭酸消毒法，取得了很大成功。
守旧派们继续反对细菌致病理论和蒸煮加热消毒法，但年轻的法国医生却逐渐接受了巴斯德的新观念，并将其付诸医疗实践，医院不再是殡仪馆的前厅了。
在一个医学会议上，八十多岁的著名外科医生奎因对巴斯德的新发现冷嘲热讽，巴斯德予以反击，恼羞成怒的奎因走过来，对准六十岁的巴斯德一拳打去。第二天，奎因又向巴斯德提出决斗。巴斯德退还了挑战书，说：“我的职业是医病，不是杀人。”
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